Le service assurance qualité assure le bon fonctionnement du système de management de la qualité du LNCQM en assurant son amélioration continue, et ceci par le biais des activités, entre autres les audits, l'organisation de revue de direction, la gestion des réclamations des clients, le suivi des résultats non conformes etc.

La démarche qualité est mise en place conformément aux exigences des Règles OMS des bonnes pratiques applicable par les laboratoire de contrôle qualité pharmaceutique et la norme ISO/CEI 17025.